El 29 de Junio de 1765 en el “Capítulo Provincial” de la Provincia Mercedaria del Cusco, celebrado en la ciudad de Arequipa, se acordó aprobar la fundación del Colegio de la Merced de la Inmaculada Concepción en la ciudad de Arequipa, aprobando sus constituciones y nombrando a sus autoridades. También el mismo capítulo agradece al Padre Provincial Pedro Pacheco de la Cuba, a cuyo celo y amor a la provincia se debe la fundación de este colegio y le tributa las debidas gracias por el beneficio de haber construido el expresado colegio.

No existiendo Universidad en Arequipa, el Colegio de la Merced al igual que otros dictaba cursos de enseñanza superior, necesitando sus alumnos únicamente dar el examen de grado que lo obtenían en las Universidades de San Marcos de Lima, o San Antonio Abad del Cusco, algunos viajaban hasta Chuquisaca en el Alto Perú. Llegado el periodo de la emancipación los que egresaron, intervienen en la organización de la Republica; bástenos citar a Hipólito Unánue, el Arzobispo José Sebastián de Goyeneche, el Deán Juan Gualberto Valdivia, el Obispo José Lucas Barranco, etc. En 1820 se enseñó en este colegio por primera vez las matemáticas superiores por los catedráticos Mariano Rivera y Juan Gualberto Valdivia, y por primera vez en el Perú la Mineralogía Química.

En 1825 cuando entraron las tropas nacionales a la ciudad, no teniendo cuartel, fueron alojadas en los conventos. En la Merced ocuparon el Convento y el colegio; por lo cual, los religiosos y los alumnos se vieron obligados a desocupar el convento y las aulas del colegio, no sin la protesta de la sociedad y los padres de familia en particular. El Colegio por esta causa dejo de funcionar hasta 1832 en que el Padre José Lucas Barranco, con un empeño que le enaltece, abrió las aulas del Colegio de la Merced. Le acompañaron en esta labor sacerdotes de gran prestigio en las letras, como el Padre Domingo López del Castillo, El Padre Mariano Rivera y el Padre Bernavé Licumberri; algunos de ellos fundadores y miembros de la Academia Lauretana. Desde 1832 a 1869 funcionó interrumpidamente, impartiendo disciplinas de la enseñanza superior.

De esta época datan alumnos del Colegio de la Merced de la talla de Hipólito Sánchez Trujillo, Mariano Ambrosio Cateriano y Lorenzo Ballón; el primero matemático y astrónomo, publicó varias obras de carácter histórico de Arequipa; el tercero matemático notable, publicó algunas obras didácticas de su especialidad. A partir de 1869 se redujo la enseñanza en el Colegio de la Merced a la sección Primaria y Superior, pero sólo dedicada ésta, a los miembros de la Comunidad Religiosa, denominándose en este período “SAN PEDRO PASCUAL”. Como alumnos de este colegio en este período pueden señalarse los señores Ladislao Butrón, Isauro Stambury, Manuel Centeno Corrales y otros. El último de los citados, amigo del padre Víctor M. Barriga, le manifiesta que en el 1891 fue alumno del Colegio de la Merced; debió ser de la sección Primaria.

El 25 de Marzo de 1898 el Padre Comendador Calixto Arenas, pide autorización al Presidente de la Delegación de la Institución Pública, para establecer un Colegio de Instrucción Media, abre nuevamente sus aulas bajo al patrocino de SAN PEDRO PASCUAL, cuyo funcionamiento es interrumpido hasta nuestros días. Ha sido dirigido por respetables religioso como el mismo fundador el Padre Calixto Arenas, su sucesor el Padre Dámaso Oróz y los padres Francisco Málaga Salazar, Victor M. Barriga, Victor Barrios, Marcial Tejada Manrique y Antonio Neira Salazar.

Alumnos que han egresado en este período y que han honrado todos los campos en la actividad social en nuestra Patria, son: en el Episcopado Monseñor Jacinto Valdivia, Monseñor Santiago Martínez y Victor M. Barriga, ambos autores de varios volúmenes sobre la historia de Arequipa. En la poesía Alberto Hidalgo cuya vena poética la demostró siendo aún alumno de la Merced y que en su madurez le cupo el honor de ser propuesto al Premio Nóbel de la Paz. Jurisconsultos y Parlamentarios como Victor Andrés Belaúnde, Idelfonso Bailón, José Ángel Escalante.